以前から、水切りの中にコウモリが棲みついているとの事です。コウモリは鳥獣保護法の対象動物。
勝手に捕まえたり、飼ったりしてはイケナイようですね。まずは、市の相談窓口で対処方法を聞かれるのが良いと思われます。